La Escuela Elise Mottart nace en agosto del 2004 producto de la separación de la enseñanza básica de la enseñanza media del Liceo Juvenal Hernández Jaque. Esta división responde en su momento a la necesidad de infraestructura para el desarrollo de la Jornada Escolar Completa. Su primer director fue el señor Mario Campos Marchant, quien se desempeñó en el cargo en forma transitoria hasta marzo del 2005, fecha en la que asume como director titular don Luis Ernel Mejías Casanova, quien permaneció en el cargo hasta Julio de 2024, fecha en que asumió la dirección Margareth Wilhelm Valencia. La escuela comenzó a funcionar como un establecimiento autónomo e independiente desde el 02 de agosto del año 2004 y fue reconocida oficialmente a través de la Resolución Exenta N° 001457 del 20 de junio del 2004 que asigna el RBD N° 18006-8. La Escuela Elise Mottart lleva su nombre en homenaje a la religiosa y educadora belga Elise Mottart Bevan, fundadora del “Hogar Nuestra Señora de la Paz” (actualmente dependiente de la Red SENAME) por la destacada labor social a favor de los niños en riesgo social de la comuna. El año 2015, las dependencias del establecimiento fueron remodeladas de manera general con la construcción de un nuevo edificio, reparación y mantención de un pabellón completo. A partir de marzo del año 2015 se autoriza, según resolución N°2394, el ingreso a régimen de jornada escolar completa diurna, los cursos 1° y 2° nivel de transición de Educación Parvularia.